29 წლის შემდეგაც კი, სამეცნიერო ფანტასტიკის ერთ-ერთი ყველაზე გავლენიანი შოუს საუკეთესო სეზონი შეუდარებლად რჩება. 1990-იან წლებში ტელევიზიით ჟანრული გადაცემების გამრავლება შეინიშნებოდა, რამაც მაყურებელს შესთავაზა ისეთი შოუები, როგორებიცაა „საიდუმლო მასალები“ (The X-Files), „ქსენა – მეომარი პრინცესა“ (Xena Warrior Princess) და „ბაბილონი 5“ (Babylon 5). ეს სერიალები ჰიტები იყო და დღესაც აქტუალურია, თუმცა Star Trek: Deep Space Nine მათზე მაღლა დგას და ერთი სეზონი ამას ამტკიცებს. Star Trek: Deep Space Nine, ფრენჩაიზის მეოთხე ნაწილი, დიდი ზარ-ზეიმით პრემიერა 1993 წელს შედგა. დებიუტისთანავე ჰიტად იქცა და Deep Space Nine ერთ-ერთი ყველაზე პოპულარული ორიგინალური სერიალი იყო სინდიკაციაში. Deep Space Nine-ის მიმზიდველობის ნაწილი მისი მკაცრი, რეალისტური ამბავია, და შოუს მეექვსე სეზონი ამ ყველაფერს ერთ, მაღალრეიტინგულ პაკეტად აერთიანებს, რომლის ყურებაც ერთი ამოსუნთქვით არის შესაძლებელი. Deep Space Nine-ის მეექვსე სეზონის მოქმედება დომინიონის ომის კულმინაციის დროს ვითარდება. მეორე სეზონში წარდგენილი დომინიონი იყო ფედერაციის ავტორიტარული, ფაშისტური ვერსია, რომელიც გამა კვადრანტში ბინადრობდა. ოდოს ხალხის მიერ დაარსებული დომინიონი განრისხდა მათ სივრცეში შეჭრების გამო და საბოლოოდ ომი გამოუცხადა ფედერაციას. Deep Space Nine-ის მეხუთე სეზონისთვის ფედერაციასა და დომინიონს შორის დაძაბულობამ პიკს მიაღწია. დომინიონმა ფედერაცია და კლინგონები ერთმანეთთან ბრძოლაში ჩაითრია, რამაც ორივე ძალის ფლოტის რესურსები გამოფიტა. მას შემდეგ, რაც დაძაბულობა ჩაცხრა და მათ კვლავ დაიწყეს ერთად მუშაობა, დომინიონმა ალფა კვადრანტში უზარმაზარი წინსვლა მოიპოვა. სანამ ფედერაცია და კლინგონები ერთმანეთს ებრძოდნენ, რონულანებმა დომინიონთან თავდაუსხმელობის პაქტი გააფორმეს, რასაც შედეგები Deep Space Nine-ის მეექვსე სეზონში ექნებოდა. რომულანების ჩართულობის არარსებობამ კლინგონები და ვარსკვლავური ფლოტი დომინიონისთვის ადვილ სამიზნედ აქცია. ეს მოვლენები კულმინაციას მაშინ მიაღწია, როდესაც დომინიონმა Deep Space Nine ფედერაციისგან დაიბრუნა. Star Trek: Deep Space Nine-ის მეექვსე სეზონი ეპიზოდით „დგომის დროა“ (A Time to Stand) გაიხსნა. მან ექვსნაწილიანი სიუჟეტური ხაზი დაიწყო, რომელიც ეპიკური „ანგელოზების მსხვერპლშეწირვით“ (Sacrifice of Angels) დასრულდა, სადაც ვარსკვლავურმა ფლოტმა Deep Space Nine დაიბრუნა. ეს იყო შთამაგონებელი, მაყურებლისთვის სასიამოვნო გზა დომინიონის ომის ამბის ახალ ფაზაში გადასაყვანად. Deep Space Nine-ის მეექვსე სეზონი იქიდან არ შეჩერებულა. ვორფის ვაჟი ალექსანდრე, რომელიც დიდი ხანია ფრენჩაიზიდან გაუჩინარებული იყო, დაბრუნდა და სადგურზე მამის რჩევას ეძებდა. ვორფი და ჯადზია დაქსი დაქორწინდნენ, რითაც ერთხელ და სამუდამოდ დაამტკიცეს, რომ კლინგონისთვის Deep Space Nine უფრო შესაფერისი იყო, ვიდრე ცხოვრება Enterprise-ზე. მეექვსე სეზონი უდავოდ ერთ-ერთი ყველაზე მძიმეა შოუს ისტორიაში. სეზონს სიკვდილის ჩრდილი ადგას. ფედერაცია ომში იყო და ამასთან ერთად სიცოცხლის უზარმაზარი დანაკარგები მოჰყვა. Deep Space Nine-იც არ დარჩენილა დანაკარგების გარეშე. გულ დუკატმა ქალიშვილი „ანგელოზების მსხვერპლშეწირვაში“ დაკარგა, ჯადზია კი სეზონის ფინალში მოკლეს. თავიდანვე Deep Space Nine ბნელი და რეალისტური შოუ იყო, და მისი მეექვსე სეზონი Star Trek-ის სამყაროს ბნელი მხარის საუკეთესო ხედი იყო. ომის დროს კომპრომისზე წავიდნენ მორალური პრინციპები და რთული გადაწყვეტილებების მიღება მოუხდათ. Star Trek-ის არც ერთ სხვა შოუს არ გამოუკვლევია ომის ორაზროვნება Deep Space Nine-ზე უკეთ. მეექვსე სეზონის ორი ეპიზოდი, რომლებიც ერთმანეთის მიყოლებით გავიდა, ამ იმპულსის ყველაზე სუფთა დისტილაციაა. „ინკვიზიცია“ (Inquisition) და „ფერმკრთალ მთვარის შუქზე“ (In the Pale Moonlight) ვარსკვლავური ფლოტის ოფიცრებს უმძიმეს სიტუაციებში გვიჩვენებს, საიდანაც გამოსვლა შეუძლებელი ჩანს, თუკი არასწორ გზას არ დაადგებიან. პირველმა ეპიზოდმა ასევე წარმოადგინა ბოროტი სექცია 31 (Section 31), რომლის არსებობამაც Star Trek-ის უტოპიური იდეები კიდევ უფრო კითხვის ნიშნის ქვეშ დააყენა. ამ ორმა ეპიზოდმა, მიუხედავად მათი ბნელი ბუნებისა, Star Trek-ის ფრენჩაიზში გარდამტეხი მომენტები შექმნა. „ნაცრისფერი ტონების“ მორალი, რომლითაც ორივე ეპიზოდმა ოქრო მოიპოვა, მოგვიანო Star Trek-ის შოუების დამახასიათებელი ნიშანი გახდა, რომლებიც არ ერიდებიან ფედერაციის ნაკლოვანებებისა და ხარვეზების გამოვლენას. მრავალ თვისებათა შორის, რისთვისაც კრიტიკოსებმა Star Trek: Deep Space Nine შეაქეს, იყო მისი მდიდარი მეორეხარისხოვანი მსახიობთა გუნდი, და ბევრი მათგანი მეექვსე სეზონში მნიშვნელოვან როლს ასრულებდა. დუკატმა, შოუს განმეორებადმა ბოროტმოქმედმა, ქალიშვილის სიკვდილის შემდეგ კიდევ უფრო ბნელი გეზი აიღო. დამარმა მეექვსე სეზონში დუკატი კარდასიული სამხედრო ძალების სათავეში ჩაანაცვლა. კიდევ ერთი კარდასიელი, გარაკი, ასევე მნიშვნელოვანი აღმოჩნდა Deep Space Nine-ის მეექვსე სეზონისთვის. ყოფილი ჯაშუში, გარაკის გეგმები გადამწყვეტი იყო „ფერმკრთალ მთვარის შუქზე“ სიუჟეტისთვის. სისკოს სურდა რომულანები ომში ჩაერთო, მაგრამ დამაჯერებელი საბაბი სჭირდებოდა. სისკომ გარაკის დახმარება სთხოვა, და კარდასიელის ეშმაკურმა და უმოწყალო ბუნებამ შესაძლოა ომის მსვლელობა შეცვალა. ვიკ ფონტენს გარდაცვლილი ჯეიმს დარენი თამაშობდა. დაბოლოს, Deep Space Nine-მა კიდევ უფრო მეტი პერსონაჟი შემოიტანა. ვიკ ფონტენი იყო ჰოლოგრაფიული პერსონაჟი, რომელიც დოქტორ ბაშირმა შექმნა 1960-იანი წლების ლაუნჯ მომღერლის მსგავსად. თუმცა, ვიკის პროგრამირებისას, ბაშირმა ჰოლოგრამას ცნობიერება მიანიჭა. Star Trek: The Next Generation რეგულარულად მოგვითხრობდა HoloDeck-ის ისტორიებს.